Neljännestä ninjasodasta on kulunut 18 vuotta. Rauha kuitenkin rikkoutui kun kolmas Tsuchikage, Onoki löydettiin kuolleena toimistostaan. Kun tapausta alettiin tutkia, ilmeni että kolmas Tsuchikage oli myrkytetty ja jäljet viittasivat vahvasti Kumogakuren olevan murhan takana. Nyt Iwagakuren ja Kumogakuren välien kiristyessä, maailma on vaarassa ajautua jälleen ninjasotaa edeltävään aikaan, jolloin valtiot aktiivisesti kilpailivat keskenään. Iwagakuressa radikaaleimmat ovat jopa ehdottaneet jopa yhden häntäpedon nappaamista uudelleen, jotta kylään saataisiin jinchuuriki, jota käyttää aseena Kumogakurea vastaan. Konohan Hokagen, Uzumaki Naruton tehdessä kaikkensa estääkseen Iwagakurea ja Kumogakurea ajautumasta sotaan, Mikaboshiksi itseään nimittävä ryhmä punoo varjoissa juoniaan, kaataakseen seuraavaksi Konohan johtajat...